Основание факультета восходит к концу XVIII века, когда по указу Императора Павла I 20 августа 1798 года было образовано два Училища корабельной архитектуры. Эту дату принято считать началом как кораблестроительного образования в России в целом, так и днём образования кораблестроительного факультета, в частности. Одно из училищ было создано для Санкт-Петербургского, другое - для Черноморского Адмиралтейства. Черноморское Училище, размещённое в Николаеве, просуществовало недолго. Оно было расформировано в 1803 году, а его ученики были переведены в Санкт-Петербург.

Санкт-Петербургское училище корабельной архитектуры впоследствии стало единственным в стране учебным заведением, выпускники которого внесли неоценимый вклад в развитие отечественного кораблестроения.

В 1827 году по указу императора Николая I, после перевода Училища корабельной архитектуры в Морской кадетский корпус, подготовка кораблестроительных кадров флота была перемещена в город Кронштадт. За данным переводом последовало перемещение подготовки кораблестроителей в Кондукторские роты Учебного морского рабочего экипажа, уникального, на то время, учебного заведения, не имеющего аналогов в России по форме обучения.

В 1872 году «кузница» инженеров-кораблестроителей переместилась в новообразованное Техническое училище Морского ведомства, созданное путем слияния Инженерного, Штурманского и Артиллерийского училищ.

В честь столетия со дня рождения императора Николая I, 25 июня 1896 г. училище было названо в его честь. Русско-японская война 1904-1905 года подтвердила высокое качество подготовки выпускников – кораблестроителей инженерного училища императора Николая I.

В связи с изолированностью Кронштадта от научного и заводского центра, на основании решения III съезда делегатов Союза инженеров-механиков флота от 8 июля 1917 г., кораблестроительный факультет, в составе инженерного училища императора Николая I, переехал в Петроград, где был оснащен современными лабораториями, мастерскими, кабинетами и библиотеками.

8 июня 1918 г. в училище состоялся первый в советское время выпуск. Было выпущено 9 человек по кораблестроительному отделу. По механическому отделу выпуск не производился. По предложению учебно-воспитательного совета училища, утвержденному приказом начальника училища от 4 июля 1918 г. №295, Коллегия Народного комиссариата по морским делам 12 сентября 1918 г. приняла решение о присвоении лицам, окончившим полный курс кораблестроительного отдела в этом году, звания «корабельный инженер». Это звание выпускникам было присвоено приказом Народного комиссара ВМФ от 17 октября 1918 г. №724.

29 апреля 1927 года училищу было присвоено новое наименование. Оно было введено приказом Реввоенсовета СССР №219, в котором впервые появилось название «Военно-морское инженерное училище им. Дзержинского». Несмотря на изменения в сфере военного образования, регламентированные новым «Положением о военно-морских учебных заведениях», в училище по-прежнему продолжалась подготовка корабелов.

В 1931 году кораблестроительный отдел училища преобразуется в сектор. С 1 октября 1931 г. в училище впервые организовываются кафедры, как объединения преподавателей однородных и родственных дисциплин. Во главе кафедры становятся руководители, персонально ответственные за обучение по предметам кафедры: «Корабельной архитектуры» – Н. В. Григорьев, «Строительной механики корабля» – Ю. А. Шиманский, «Теории корабля» – С. Т. Яковлев, «Технологии» – Д. А. Архипов, «Механики» – Н. Г. Кузнецов. В 1933 году после преобразования «громоздких» кафедр образованы кафедры, которыми руководили: «Теории корабля» – В. Г. Власов, «Строительной механики и сопротивления материалов» – Д. А. Архипов, «Корабельной архитектуры» – Н. В. Григорьев, «Проектирования корабля» – А. И. Балкашин.

В 1932 году в училище открылась адъюнктура для подготовки собственных педагогических и научных кадров. Первыми адъюнктами среди выпускников кораблестроительного сектора стали С. В. Козлов (1933 года выпуска) и В. С. Городничев (1935 года выпуска), ставшие в последующем ценными педагогическими кадрами в области кораблестроительных наук.

С 4 февраля 1933 г. училищу предназначалось подготовить для военно-морских сил рабоче-крестьянской Красной армии корабельных инженеров, а также вести научно-исследовательскую работу в области корабельной специальности, как высшему военно-морскому техническому учебному заведению.

Даже с началом Великой Отечественной Войны, не прекращалась подготовка флотских инженеров-кораблестроителей, которые смогли проявить свои мужество и стойкость в борьбе с неприятелем. Курсанты 5 курса, после досрочного выпуска по программе военного времени, были отправлены на флоты для участия в боевых действиях. Курсанты 1 курса 23 июня 1941 г. были отправлены на практику в г. Тарту, где уже через два дня после прибытия участвовали вместе с пограничными частями в прочесывании леса в 30-40 км от города, куда был сброшен вражеский парашютный десант, который был успешно уничтожен совместными силами.

В послевоенные годы кораблестроительное образование не стояло на месте, получившее развитие с введением новых учебных планов в 1954 году. Из программ исключены второстепенные вопросы, параллелизм и дублирование вопросов в родственных дисциплинах.

В 1975 году для решения сложных специфических проблем аварийно-спасательных работ на базе кораблестроительного факультета была создана кафедра Водолазной подготовки и судоподъема, после чего специальности кораблестроительного факультета получили наименования: «Строительство подводных лодок», «Строительство надводных кораблей», «Поисково-спасательные и водолазные работы, строительство спасательных, судоподъемных средств и судов».

В соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 29 августа 1998 г. № 1009 путем слияния двух известных в стране учебных заведений – Высшего военно-морского инженерного училища имени В. И. Ленина и Высшего военно-морского инженерного ордена Ленина училища имени Ф. Э. Дзержинского – создан Военно-морской инженерный институт, который в 2009 году присоединен к государственному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Военно-морская академия имени Адмирала Флота Советского Союза Н. Г. Кузнецова», в состав которого входит кораблестроительный факультет, расположенный на территории двух военных городков (№ 24 – Главное Адмиралтейство, № 264 – город Пушкин).